菌核病是近年来洋葱育苗中的一种新的病害，而且危害十分严重。苗期发病开始于茎基部，病部初呈褐色水渍状，湿度大时，长出白色棉絮状菌丝，呈软腐状，无臭味，干燥后呈灰白色，菌丝体结为菌核，病部溢缩，秧苗枯死。
菌核病病菌主要以菌核在田间或塑料棚土壤中越冬，当环境温湿度适宜时，菌核萌发，病菌随气流传到寄主上，由伤口及自然孔处侵入。该病菌抱子萌发的适宜条件为16-20℃，空气相对湿度95％一100％。在温度低而湿度大时发病严重。